Untuk mewujudkan visi tersebut, maka dirumuskan misi sebagai berikut :
- Mengembangkan penelitian yang mendukung pelaksanaan produk halal di bidang pangan, kesehatan dan barang gunaan
- Melakukan pengabdian kepada masyarakat berupa edukasi halal dan menumbuhkan kesadaran masyarakat untuk senantiasa mengkonsumsi produk halal
- Menyediakan informasi tentang produk halal dari berbagai aspek secara menyeluruh
- Menyelenggarakan kolaborasi antar ilmuwan dan laboratorium terkait status halal pada produk pangan, kesehatan dan barang gunaan
- Memberikan pendampingan bagi industri kecil dan menengah dalam menghasilkan produk halal
- Menyelenggarakan pelatihan halal untuk industri, akademisi dan masyarakat umum