Untuk mewujudkan visi tersebut, maka dirumuskan misi sebagai berikut :

1. Mengembangkan penelitian yang mendukung pelaksanaan produk halal di bidang pangan, kesehatan dan barang gunaan
2. Melakukan pengabdian kepada masyarakat berupa edukasi halal dan menumbuhkan kesadaran masyarakat untuk senantiasa mengkonsumsi produk halal
3. Menyediakan informasi tentang produk halal dari berbagai aspek secara menyeluruh
4. Menyelenggarakan kolaborasi antar ilmuwan dan laboratorium terkait status halal pada produk pangan, kesehatan dan barang gunaan
5. Memberikan pendampingan bagi industri kecil dan menengah dalam menghasilkan produk halal
6. Menyelenggarakan pelatihan halal untuk industri, akademisi dan masyarakat umum